 > Molécules
Molécules
Voir aussi
-
Amarrage (moléculaire)
Dans le domaine de la modélisation moléculaire, l'amarrage (en anglais, docking1) est une méthode qui calcule l'orientation préférée d'une molécule vers une seconde lorsqu'elles sont liées pour former un complexe stable2. Savoir l'orientation préférée sert à prévoir la solidité de l'union entre deux molécules. Les associations entre des molécules d'importance biologique, telles que les protéines, les acides nucléiques, les glucides et matières grasses jouent un rôle essentiel dans la transduction de signal. D'ailleurs, l'orientation relative des deux molécules associées peuvent avoir un effet sur le genre du signal produit (ex. antagoniste contre l'agoniste ). Par conséquent, des études d'amarrage sont utiles à calculer la force et le genre du signal produit.
Dans la mise au point de nouveaux médicaments, l'amarrage sert souvent à déterminer l'orientation de petites molécules liées à leurs protéines ciblées afin de calculer leurs affinité et niveau d'activité. Ainsi, l'amarrage joue un rôle important dans la conception pensée de nouveaux médicaments. En raison de sa valeur biologique et pharmaceutique, on s'est efforcé d'améliorer les méthodes qui calculent l'amarrage moléculaire.
Visualisation : On peut considérer l'amarrage comme une situation de serrure et clef où on s'intéresse à trouver la bonne orientation relative de la clef (le liant) qui active la serrure (la protéine). Néanmoins, si le liant et la protéine sont tous les deux flexibles, il est plus adapté de comparer cette situation à celle où une main rentre dans un gant. Au cours du mécanisme, le liant et la protéine s'ajustent pour améliorer leur serrage.
-
Biomolécules
-
Calixarènes
Un calixarène est un macrocycle issu de la réaction d'un phénol et d'un aldéhyde. Les calixarènes ont des cavités hydrophobiques qui peuvent inclure des petites molécules ou des ions. Les plus couramment rencontrés sont les calixarènes à 4, 5, 6 et 8 unités phénols. La cavité ainsi formée permet de complexer des ions ou des petites molécules. On peut accéder à des calixarènes hydrosolubles en ajoutant des motifs ioniques par exemple.
Le terme calixarène est l'assemblage des mots calice (pour la forme de vase que certains calixarènes adoptent à l'état solide) et d'hydrocarbure aromatique arène (pour les cycles aromatiques formant les parois de ce vase). Il a été inventé en 1975 par David Gutsche.
-
Cristaux moléculaires
-
Dynamique moléculaire
-
Interactions ion-molécule
-
Macromolécules
-
Matière -- Structure
-
Molécules -- Modèles
-
Molécules -- Propriétés
-
Molécules -- Propriétés magnétiques
-
Molécules chaperonnes
-
Monomères
-
Orbitales moléculaires
-
Relaxation moléculaire
-
Synthons
Un synthon est une "molécule fictive" dont la représentation symbolise la réactivité. Ce concept est utilisé dans la planification de rétrosynthèses de composés organiques complexes. Ils sont dérivés d'une décomposition en fragments simples de la molécule que l'on cherche à assembler.
Plus récemment et par extension, on désigne fréquemment par le terme synthon des éléments ou briques de base utilisés en synthèse organique.
Le mot est notamment souvent employé pour désigner les monomères protégés utilisés dans les méthodes automatisées de synthèse de polymères : synthèse peptidique ou synthèse d'oligonucléotides. Dans cette acception du terme, synthon désigne alors une molécule réelle et plus seulement conceptuelle.
-
Tamis moléculaires
-
Théorie moléculaire
-
Van der Waals, Forces de
|
Aller sur edunet
Ajouter le résultat dans votre panier Affiner la rechercheCes molécules qui nous mènent par le bout du nez in L'ACTUALITE CHIMIQUE, N° 406 (04/2016)
La constitution des molécules / 1958
