Les endophytes (du grec endo "dans", φυτόν "végétal" ; littéralement "à l'intérieur d'un végétal", terme défini et employé pour la première fois en 1866 par Anton de Bary, mais Link est le premier à décrire en 1809 ces organismes sous le terme d'"Entophytae" considérés alors comme un groupe distinct de parasites fongiques) sont tous les micro-organismes (bactéries ou champignons en général) qui accomplissent tout ou partie de leur cycle de vie à l'intérieur d'une plante, de manière symbiotique (endosymbiote), c'est-à-dire avec un bénéfice mutuel pour les deux organismes ou sans conséquences négatives pour la plante-hôte. L'endophyte peut vivre et se reproduire dans les espaces intercellulaires (méats des parenchymes) et/ou dans certaines cellules de la plante. L'endophyte et son hôte entretiennent une interaction appelée endophytisme. Les endophytes qui font partie du microbiote des plantes (le microbiome étant appelé phytobiome) jouent chez elles un rôle assez comparable à celui du microbiote intestinal chez l'animal, rôle qui selon les études les plus récentes, a été très longtemps inconnu puis sous-estimé.
De nombreux endophytes ont une activité ou des propriétés favorisant potentiellement la croissance de la plante, ou sa résilience face à certain stress (chaleur, manque d'eau, sel, attaques parasitaires via l'effet bioinsecticide, etc.). Une partie du génome d'endophyte est parfois retrouvée, intégrée, dans l'ADN de la plante-hôte.

Les branches de la science connues sous le nom de omiques (ou -omiques) sont constituées de diverses disciplines de la biologie dont les noms se terminent par le suffixe "-omique", comme la génomique, la protéomique, la métabolomique, la métagénomique et la transcriptomique1. Les « omiques » visent la caractérisation et la quantification collectives de pools de molécules biologiques qui se traduisent par la structure, la fonction et la dynamique d'un ou plusieurs organismes : le tout étant souvent utilisé pour décrire ou comprendre un phénotype.

Le suffixe -ome est utilisé pour désigner les objets d'étude de ces domaines, tels que le génome, le protéome ou le métabolome respectivement. "-ome" tel qu'il est utilisé en biologie moléculaire fait référence à une sorte de "totalité" ("globalité"). (Wikipedia)