Les endophytes (du grec endo "dans", φυτόν "végétal" ; littéralement "à l'intérieur d'un végétal", terme défini et employé pour la première fois en 1866 par Anton de Bary, mais Link est le premier à décrire en 1809 ces organismes sous le terme d'"Entophytae" considérés alors comme un groupe distinct de parasites fongiques) sont tous les micro-organismes (bactéries ou champignons en général) qui accomplissent tout ou partie de leur cycle de vie à l'intérieur d'une plante, de manière symbiotique (endosymbiote), c'est-à-dire avec un bénéfice mutuel pour les deux organismes ou sans conséquences négatives pour la plante-hôte. L'endophyte peut vivre et se reproduire dans les espaces intercellulaires (méats des parenchymes) et/ou dans certaines cellules de la plante. L'endophyte et son hôte entretiennent une interaction appelée endophytisme. Les endophytes qui font partie du microbiote des plantes (le microbiome étant appelé phytobiome) jouent chez elles un rôle assez comparable à celui du microbiote intestinal chez l'animal, rôle qui selon les études les plus récentes, a été très longtemps inconnu puis sous-estimé.
De nombreux endophytes ont une activité ou des propriétés favorisant potentiellement la croissance de la plante, ou sa résilience face à certain stress (chaleur, manque d'eau, sel, attaques parasitaires via l'effet bioinsecticide, etc.). Une partie du génome d'endophyte est parfois retrouvée, intégrée, dans l'ADN de la plante-hôte.