Le jatoba est un immense arbre de la canopée, s'élevant à plus de 30 mètres de haut dans la forêt amazonienne. Le tronc est cylindrique. Ses feuilles alternes d'un vert éclatant sont composées de deux folioles asymétriques. Ses fleurs blanches et odorantes sont rassemblées en grappe. La floraison a lieu entre avril et mai. Les fruits sont des gousses très dures, longues et arrondies aux extrémités, de couleur café foncé, de 9 à 14 cm de long et renferment une à huit graines cachées dans une pulpe farineuse, jaunâtre, sucrée à l’odeur et à la saveur musquées. Ces fruits sont considérés comme étant comestibles bien que pas très bon - d'ailleurs un des noms commun du Jatoba est le stinking toe ou « pieds qui puent »…
Les Hymenaea, dont le jatoba, produisent de la résine. On a d'ailleurs retrouvé de l'ambre de Jatoba, ce qui prouve que leur existence remonte à bien longtemps.